本科专业代码可能有两个的情况主要可以归纳为以下几种：
专业层次不同
一个代码对应普通招生（专一），另一个代码对应中外合作办学（专二）。
专业类型不同
一个代码对应普通专业，另一个代码对应中外合作办学项目。这两种情况下，代码虽然不同，但通常会在同一所学校内进行调剂，除非有特别说明。
学科门类不同
-本科专业代码通常由6位或8位数字组成，前两位数字代表学科门类。例如，法学门类的代码是03，经济学门类的代码是02。
学校代码不同
有些情况下，同一所大学可能会有两个不同的代码，这可能是因为学校在不同省份有不同的招生代码，或者是因为学校内部有不同的专业划分。
招生和填报志愿用途
有些情况下，学校会有两个代码，一个用于高考填报志愿，另一个可能是国际代码或内部使用的代码。
综上所述，本科专业代码有两个可能是由于不同的招生类型、学科门类、学校内部的专业划分或不同的招生用途等原因造成的。如果你需要了解具体某个学校的代码，建议查阅该学校的官方招生信息或相关教育部门发布的数据。