截至2024年，上海交通大学的本科专业涵盖了经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学和艺术等九个学科门类。具体专业设置如下：
工学
船舶与海洋工程
土木工程
交通运输（3+1+2改革省份要求物理且化学）
机械工程
能源与动力工程
核工程与核技术
电气工程及其自动化
电子信息类（自动化、信息工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、测控技术与仪器、信息安全、软件工程、微电子科学与工程）
人工智能（卓越人才试点班*）
材料科学与工程
环境科学与工程
生物医学工程
航空航天工程
交通工程
交通运输
物流工程
机械类（国际化人才培养试点班）
工业工程
理科试验班类（含致远*、吴文俊数学班、李政道物理班）
工科创新人才培养平台
理学
数学与应用数学
物理学
化学
生物科学
生物技术
统计学
医学
临床医学（本博连读、五年制、八年制、法语班、儿科学方向5+3）
口腔医学（本博连读、五年制）
预防医学
医学检验技术
食品卫生与营养学
医学影像技术
听力与言语康复学
护理学
管理学
金融学
经济学
工商管理
会计学
人力资源管理
信息管理与信息系统
行政管理
法学
法学
法学试验班
文学
汉语言文学（中外文化交流）
英语
日语
德语
艺术
工业设计
建筑学
视觉传达设计（含环境设计）
风景园林
其他
环境设计
健康科学与技术
运动训练
这些专业中，有许多是国家级和省级一流本科专业建设点，以及通过工程教育专业认证和医学类专业认证的专业。此外，学校还设有多个特色专业和人才培养平台，如“卓越工程师教育培养计划”和“卓越法治人才”计划2.0专业等。