南京本科院校的排名如下：
南京大学
东南大学
南京理工大学
南京航空航天大学
南京医科大学
建议：
南京大学和 东南大学作为985和211高校，且在多个排名中均位列前茅，是南京乃至全国都非常重视的高等学府。
南京理工大学和 南京航空航天大学同样在工科领域具有很高的声誉和学术实力。
南京医科大学在医学领域表现突出，是江苏省内及全国知名的医学高校。
这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各高校的学科优势、科研成果和社会影响力。建议学生在选择高校时，可以综合考虑自身的兴趣和发展方向，以及各高校的学科特色和专业优势。