北京大学和复旦大学都是中国顶尖的综合性大学，拥有众多一流的本科专业。以下是它们的部分本科专业设置：
北京大学
数学类：
数学与应用数学、信息与计算科学等
生物科学类：
生物医学工程、基础心理方向、生物科学等
化学类：
材料方向、化学等
其他专业：
物理学、心理学、计算机科学与技术、法学、经济学、哲学、汉语言文学等
复旦大学
数学类：
数学与应用数学、信息与计算科学、物理学、化学等
生物科学类：
生物科学、生物技术、基础医学等
医学类：
临床医学（8年制）、预防医学、基础医学、药学等
其他专业：
计算机科学与技术、软件工程、经济学、金融学、法学、汉语言文学、新闻学、哲学等
建议
数学专业：两校在数学专业方面都有很高的声誉，北京大学在理论研究和应用数学方面更为突出，而复旦大学在代数、几何、分析等多个数学领域都有突出表现。
生物科学：两校在生物科学方面都有强大的科研和教学实力，北京大学的生物科学排名世界第21名，为中国高校第一位，而复旦大学在生物科学、生物技术等方面也有很好的表现。
医学专业：复旦大学的临床医学8年制专业甚至比北大的临床医学5年制更强，且录取分数线相对较低，是医学专业学生的优选之一。
其他专业：两校在其他专业方面也都有各自的优势，如北京大学的哲学、经济学、法学等，复旦大学的新闻学、传播学等。建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。