自考本科专业应用数学的科目包括：
1. 中国近现代史纲要
2. 马克思主义基本原理概论
3. 英语（二）
4. 创新与创新教育
5. 现代生物学导论
6. 数学教育学
7. 高级语言程序设计（一）
8. 拓扑学基础
9. 抽象代数
10. 概率论与数理统计（一）
11. 复变函数论
12. 实变与泛函分析初步
13. 初等数论
14. 微分几何
15. 偏微分方程
16. 毕业论文。
这些科目涵盖了从基础理论到应用实践的广泛领域，旨在为学生提供全面的数学教育和训练。课程内容较为复杂，包括《复变函数论》《抽象代数》等抽象和复杂的课程，学习起来可能会有一定的难度。
建议学生在选择自考本科专业时，要充分了解各个科目的内容和难度，制定合理的学习计划，以确保能够顺利通过考试并掌握所需的专业知识。