云南农业大学最好的专科专业包括：
动物科学
烟草
植物保护
生物技术
建筑学
工程造价
水利水电工程
电气工程及其自动化
土木工程
机械设计制造及其自动化
此外，云南农业大学的专科专业还有：
作物生产技术
种子生产与经营
设施农业与装备
园艺技术
茶树栽培与茶叶加工
农产品质量检测
茶艺
绿色食品生产与检验
热带作物生产技术
森林生态旅游
建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。例如，如果对动植物科学感兴趣，动物科学和植物保护是很好的选择；如果希望在农业领域发展，作物生产技术、种子生产与经营等专业会有很好的就业前景。