南山学院最好的专科专业包括 机电一体化技术专业和 旅游管理专业。这两个专业不仅是山东省高职高专教育改革试点专业，而且在多个排名中均表现优异。
此外，根据最新的排名信息，以下专业也被评为推荐专业：
1. 汽车检测与维修技术
2. 机械制造与自动化
3. 计算机应用技术
4. 软件技术
5. 动漫制作技术
6. 计算机网络技术
7. 服装与服饰设计
8. 电气自动化技术
9. 移动互联应用技术
10. 材料成型与控制技术
11. 模具设计与制造
12. 建筑装饰材料技术
13. 工商企业管理
14. 人力资源管理
15. 市场营销
16. 电子商务
综合以上信息，如果要在南山学院选择最好的专科专业，建议优先考虑 机电一体化技术专业和 旅游管理专业，同时也可以关注其他推荐专业，根据个人兴趣和职业规划做出选择。