铁道部直属的本科专业包括以下几所院校的专业：
北京交通大学
电气工程与自动化
交通运输工程
机械设计制造及其自动化
轨道交通信息与控制
车辆工程
土木工程
西南交通大学
车辆工程
交通工程
电气工程及其自动化
交通运输工程
电力电子与电力传动
机械设计制造及其自动化
轨道交通信息与控制
石家庄铁道大学
土木工程
交通工程
华东交通大学
交通运输工程
轨道交通工程
铁道工程
电气工程及其自动化
机械设计制造及其自动化
大连交通大学
轨道交通工程
机械设计制造
交通运输
电气工程及其自动化
车辆工程
兰州交通大学
土木工程
交通运输工程
车辆工程
轨道交通信号与控制
这些专业涵盖了铁路系统的各个方面，包括车辆、交通、电气、机械、土木等，这些专业在各自的院校中都有很高的声誉和就业率。建议对铁路行业感兴趣的学生可以选择这些专业进行深入学习。