南京航空航天大学本科专业校区分布如下：
明故宫校区
航空学院：飞行器设计与工程、飞行器环境与生命保障工程、建筑环境与能源应用工程、工程力学。
能源与动力学院：飞行器动力工程、能源与动力工程、车辆工程。
自动化学院：自动化、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、生物医学工程、探测制导与控制技术。
电子信息工程学院：电子信息类、微电子科学与工程。
机电学院：机械工程、工业设计、飞行器制造工程、飞行器制造工程（航空维修工程与技术）。
材料科学与技术学院：材料科学与工程、应用化学、核工程类、新能源材料与器件。
民航学院/飞行学院：交通运输（空中交通管制与签派）、交通运输（民航运输管理）、交通运输（民航机务工程）、交通运输（民航电子电气工程）、交通运输（机场运行与管理）、土木工程、飞行器适航技术、飞行技术。
将军路校区
理学院：信息与计算科学、应用物理学、应用统计学。
经济与管理学院：管理科学与工程类、经济与贸易类。
人文与社会科学学院：法学、政治学与行政学、公共事业管理。
艺术学院：广播电视学、音乐表演、戏剧影视美术设计、环境设计。
建议：
大一和大二新生（2019级民航/飞行学院本科生除外）全部在将军路校区就读，大三时一、二、五院（航空学院、能源与动力学院、机电学院）要搬到明故宫校区。
民航/飞行学院2019级大一大二会在新校区即常州溧阳的天目湖校区就读，大三部分专业会回到将军路校区。
这些信息可以帮助你更好地了解南京航空航天大学的本科专业校区分布情况。