在本科院校中就读专科专业，其毕业证书是 大学专科学历，而不是本科学历。无论学生是通过何种方式进入本科大学（例如，作为专科生考入，后通过专升本联读项目获得本科学历），其最终获得的毕业证书类型将取决于其入学时的专业设置和毕业时的教育层次。
具体来说，如果学生在本科大学里选择的是专科专业，那么他们毕业时将获得大学专科学历。这种毕业证书是以学生考入时的专业设置为准，与本科生的毕业证书有所区别。
此外，专科毕业证书是由教育部或省级教育行政部门颁发的国家教育证书，具有法律效力和社会认可度。它证明了持有人已经完成了大学专科教育，并具备了一定的专业知识和技能，为未来的就业和升学提供了重要依据。
综上所述，本科里的专科专业毕业生将获得大学专科学历，而非本科学历。这一事实对于学生的职业规划和发展具有重要意义。