日本新潟大学提供多个本科专业，以下是一些主要的专业设置：
1. 教育学研究科
学校教育专攻（学校教育学、教育心理学、临床心理学、特别支援教育、幼儿教育）
教科教育专攻（国语教育、社会科教育、英语教育、数学教育、理科教育、音乐美术教育、保健体育）
2. 现代社会文化研究科
博士前期课程（2年）
现代文化专攻（情报社会文化、现代人类科学、生活健康行为科学）
社会文化专攻（亚洲社会文化、欧美文化社会论、国际日本文化）
法政社会专攻（法政社会、国际社会）
经济经营（经济社会、经营会计）
博士后期课程（3年）
人间形成研究、共生文化研究、共生社会研究
3. 保健学研究科
保健学专攻（看护学、放射线技术科学、检查技术科学）
4. 医齿学综合研究科
医科学、分子细胞医学、生体机能调节医学、地域疾病制御医学、口腔生命科学、口腔生命福祉学
5. 自然科学研究科
数理物质科学、材料生产系统、电器情报工学、生命·食料科学、环境科学
此外，新潟大学还提供其他专业，如运动学、训练学、健康体力学、艺术学主专攻、美术主专攻、构成主专攻、设计主专攻、医学类、看护学类、医疗科学类、人文学类、比较文化学类、日本文化学类、社会学类、国际综合学类、教育学类、心理学类、障碍科学类、地球学类、生物学类等。
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